根据感染发生的部位，尿路感染分为上尿路感染和下尿路感染。
上尿路感染主要指肾盂肾炎，即肾实质和肾盂的感染性炎症，是由于细菌入侵肾脏所致。肾盂肾炎临床上分为急性肾盂肾炎和慢性肾盂肾炎。
急性肾盂肾炎，致病菌经膀胱、输尿管而到达肾脏，引起炎症。关于慢性肾盂肾炎的，过去认为慢性肾盂肾炎应仅限于肾盂、肾盏有明确的炎症、纤维化和变形者。如果用此诊断标准，则绝大部分慢性肾盂肾炎是在尿路梗塞、尿流不畅或膀胱——输尿管返流的基础上附加尿路感染所致。如果没有上述情况，尿路感染常不会引起严重的慢性肾脏疾患。因此，急慢性肾盂肾炎的鉴别，不应该由其病程长短或反复发作的次数来划分，而应该由影像学显示肾盂肾盏是否有变形来区别。
下尿路感染主要为尿道炎和膀胱炎，其感染性炎症仅局限于尿道和膀胱。
根据有无尿路功能上或解剖上的异常，尿路感染分为复杂性尿路感染和单纯性尿路感染。
复杂性尿路感染是指：①尿路有器质性或功能性异常，引起尿路梗阻，尿流不畅；②尿路有异物，如结石、留置导尿管等；③肾内有梗阻，如在慢性肾实质疾病基础上发生的尿路感染，多数为肾盂肾炎，可引起肾组织损害。长期反复感染或治疗不彻底，可进展为慢性肾功能衰竭。
单纯性尿路感染则无上述情况，不经治疗其症状及菌尿可自行消失，或成为无症状性菌尿。
根据病史，尿路感染又分为初发和再发，后者又分为复发和再感染。初发性尿路感染即第一次发作；复发是指治疗不彻底，常在停药后6周内再次发作，与原初感染的细菌同株同血清型，多见于肾盂肾炎；再感染是指原初感染已治愈，由不同菌株再次感染，常发生在原初治疗停药6周之后，多见于膀胱炎。再发频繁者必须寻找原因。
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